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2016 : Tokyo est ravagé par l'effondrement d'une centrale nucléaire. 20 ans plus tard, la ville est quasiment déserte et Ibara, Aoi et Taeko, trois lycéennes modifiées génétiquement pour être insensibles aux rayonnements radioactifs, sont envoyées par l'armée dans la capitale pour trouver et secourir d'éventuels survivants.